本中心設有主任1人及副主任1人，下設綜合規劃組、兒童少年保護組、成人保護組、性侵害保護扶助組、暴力防治組、醫療扶助組、教育輔導組等，分別掌理下列事項：
(一)綜合規劃組：
1.規劃工作計畫。
2.辦理社工(督導)員教育訓練及督導計畫之發展與規劃。
3.辦理各項業務宣導、研究、資訊管理及綜合管考、文書、總務等。
4.性騷擾防治業務。
(二)兒童及少年保護組：
1.辦理兒童少年個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。
2.規劃及推展兒童少年保護服務方案。
(三)成人保護組：
1.成人保護個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。
2.規劃及推展家庭暴力相關服務方案。
(四)性侵害保護扶助組：
1.性侵害保護個案危機處遇、調查、評估、個案管理及相關服務事項。
2.規劃及推展性侵害防治及性剝削相關服務方案。
(五)專線及調查組：辦理保護專線之受理通報、派案、追蹤連繫、資料庫建檔及個案調查。
(六)人事管理員:依法辦理人事管理事項。
(七)會計員:依法辦理歲計、會計及統計事項。
(八)暴力防治組：協助辦理24小時緊急救援、危機處遇、保護令申請及執行、加害人追蹤、檔案證物管理及暴力防治教育訓練等事項。
(九)醫療扶助組：協助辦理24小時緊急診療、驗傷、採證等事項，並協調衛生局整合被害人診療、身心復健資源網絡、加害人身心治療服務及教育訓練等事項。
(十)教育輔導組：協助督導公私立各級學校及幼稚園針對疑似家庭暴力及性侵害案件之通報、對遭受家庭暴力及性侵害兒童少年入轉學之協助;教師輔導研習及學生防治宣導辦理等事項。